適用盈虧互抵之公司，若被查獲短漏所得稅稅額超過新臺幣10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額比率超過5％，且以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，就無法適用盈虧互抵10年之規定，請多加注意。
財政部高雄國稅局表示：依據所得稅法第39條規定，公司組織營利事業如符合「會計帳冊簿據完備」、「虧損及申報年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證」及「如期申報」等要件，可將國稅局核定的前10年內各期虧損，自本年度純益額中扣除後，再行核課。
該局提醒，若營利事業短漏報所得額及稅額超過「情節輕微」之標準，將不符合「會計帳冊簿據完備」之要件，無法適用盈虧互抵之規定。前述「情節輕微」標準，依財政部函釋，是指營利事業經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額不超過新臺幣（下同）10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額比率不超過5％，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者。
該局進一步舉例說明，甲公司106年度營利事業所得稅經會計師查核簽證申報全年所得額200萬元，扣除102年度虧損數150萬元，申報課稅所得額為50萬元。但後來被稽徵機關查獲106年度短漏報所得額100萬元，占全年所得額比率33.33％（100萬元／200萬+100萬元），短漏稅額17萬元，因不符合前述短漏報情節輕微之標準，無法適用盈虧互抵之規定，故核定課稅所得額為300萬元。【#187】
